Mediante el acuerdo No.73 de 2001, el Concejo de Medellín autorizó al Alcalde de la ciudad para que creará una institución cuyo objetivo fuera buscar Cooperación internacional. Es así como el 19 de junio de 2002, se constituyó la Agencia para la Cooperación Internacional de Medellín, como una asociación entre entidades públicas como, Alcaldía de Medellín, EPM, Área Metropolitana del valle de Aburra y Empresas Varias de Medellín de acuerdo con el artículo 95 Ley 489 de 1998.
A partir del año 2004 la ACI cobra gran importancia dentro de las políticas de ciudad porque gracias a la línea 5 que se incluyo en el Plan de Desarrollo, se plantearon los parámetros para poner en marcha, de manera efectiva, el proceso de integración de la ciudad con la región y con el mundo.
El 7 de marzo 2006, la ACI cambia su nombre por Agencia de Cooperación e Inversión de Medellín y el Área Metropolitana, como resultado de la asesoría que presto la ONUDI a la ciudad.
En 2007, la ACI logra la certificación de todos sus procesos en la Norma ISO 9001 y NTCGP1000, certificaciones que han sido ratificadas.Actualmente la ACI se proyecta como líder del proceso de internacionalización de la región ya que establece y fortalece relaciones internacionales estratégicas que benefician el acceso a recursos de cooperación internacional y promueven y captan negocios e inversión para la región metropolitana.